Im Öko-Garten wird durch eine naturverträgliche Bewirtschaftung ohne Mineraldünger und chemische Pflanzenschutzmittel wird die biologischen Vielfalt im Garten gefördert.

Generell ist bei der Arbeit im ökologischen Schulgarten auf eine naturverträgliche Bewirtschaftung zu achten. Die Schüler sollen lernen, dass die Anwendung von Chemikalien im Garten für Pflanze, Mensch und Tier unnötig und schädlich ist. Gifte unterscheiden nicht zwischen so genannten Schädlingen oder Nützlingen, sie töten alles ab und sind daher aus dem Garten zu verbannen. Bei der Gartenarbeit sollte über die Bedeutung von Nützlingen und Artenvielfalt im Garten gesprochen werden. Durch eine geschickte Kombination bestimmter Gemüsearten und Küchenkräuter können Schädlinge und Krankheitserreger abgewehrt werden. Nachhaltigkeit und Kreislaufwirtschaft sind weitere Themenkomplexe, die sich im Schulgarten behandeln lassen.

Zunächst ist darauf zu achten, dass die Pflanzen an ihrem optimalen Standort stehen und dadurch widerstandsfähig sind. Kulturpflanzen können durch eine schonende Bodenbearbeitung und durch pflanzliche Düngung vor Schädlingsbefall geschützt werden. Die Mischkultur wehrt viele Schädlinge von vorn herein ab, da die unterschiedlichen Nährstoffbedürfnisse und das Wuchsverhalten der Pflanzen berücksichtigt wird. So bringt eine Pflanzung aus Flach- und Tiefwurzlern eine optimale Durchwurzelung mit sich und eine Kombination von Pflanzen mit unterschiedlichen Nährstoffansprüchen bedingt eine optimale Nährstoffausnutzung des Bodens. Auch die Duftausscheidungen einiger Pflanzen über die Wurzeln können Nutzpflanzen vor Schädlingsbefall schützen. Die Schadinsekten orientieren sich am Duft ihrer Wirtspflanzen und werden durch andere ausströmende Düfte z.B. von Ringelblume und Tagetes in die Irre geführt.